Das lateinische Wort destillatio,-onis f bedeutet eigentlich soviel wie Schnupfen oder krankhafte Absonderung, also absolut nichts genussvolles.
"destillare" heißt herabtropfen, herabtriefen. Das kommt der Destillation im Sinne des Schnapsls schon näher.
Die chemische Destillation ist verfahrensmäßig das Gleiche, hat aber ein anderes Ziel. In der Chemie nämlich kommt es darauf an, einen möglichst reinen Stoff herzustellen. Das Ziel der Destillation zu Schnapszwecken ist wesentlich einfacher - eine wohlschmeckende Mischung von Alkohol, Wasser und Aromen zu erreichen.